Os Tribunais de Contas dos Estados, dos Municípios e do Distrito Federal (TCEs, TCMs e TCDF) têm a competência de fiscalizar a aplicação dos recursos relativos ao auxílio de cooperação federativa repassados pela União aos Estados e Municípios. A Nota Técnica 3/2020 da Associação dos Membros dos Tribunais de Contas do Brasil (Atricon) analisou tais competência desses órgãos de controle externo em relação a Lei Complementar 173/2020 do Programa Federativo do Enfrentamento ao Coronavírus.
A área de Contabilidade da Confederação Nacional de Municípios (CNM) manifesta surpresa, uma vez que repasses do governo federal às prefeituras, geralmente, são fiscalizados pelo órgão federal repassador da verba. A atuação do Tribunal de Contas da União (TCU) ocorre na fiscalização de gastos de prefeituras, quando houver denúncia envolvendo recursos federais ou quando for instaurado processo de Tomada de Contas Especial pelo órgão repassador. 
A Controladoria-Geral da União (CGU) é o órgão federal responsável pelo controle interno é também responsável por essa fiscalização, segundo informações do próprio site do TCU.
No entanto, a NT da Atricon ressalta a transferências dos recursos pela Secretaria do Tesouro Nacional (STN) aos Fundos de Participação dos Estados e dos Municípios (FPE e FPM). Assim, o controle externo deve seguir a mesma regra aplicável aos demais recursos transferidos pela União aos Entes federado, por expressa disposição constitucional ou legal. A Atricon traz ainda a informação de que ao TCU caberá fiscalizar os cálculos da STN e assegurar que os repasses sejam feitos nas datas e valores previstos, bem como apreciar eventuais recursos de entes subnacionais quanto aos valores recebidos.
Para ajudar os gestores municipais, a equipe técnica da CNM elaborou a NT 36/2020 com orientações aos Municípios sobre o Programa Federativo de Enfrentamento ao Coronavírus, esclarecendo como esses recursos devem ser tratados orçamentariamente e contabilmente no âmbito dos municípios brasileiros.